Микробиологическая лаборатория является структурным подразделением Федерального бюджетного учреждения здравоохранения «Центр гигиены и эпидемиологии в Челябинской области».

Оснащение микробиологической лаборатории современными автоматизированными системами значительно улучшает качество микробиологических исследований и сокращает сроки их проведения. Микробиологическая лаборатория проводит ПЦР-исследования генетически модифицированных пищевых продуктов, молекулярно-биологические исследования клинического материала, бактериологические исследования с применением современных автоматизированных систем: обнаружение сальмонелл, патогенных листерий и стафилококковых энтеротоксинов в пищевых продуктах на автоматизированной системе «MiniVidas», иммуно-ферментные исследования.